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出芝管理前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。