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花椒锈病是花椒叶部重要病害之一。广泛分布在陕西、四川、河北、甘肃等省的花椒栽培区。严重时，花椒提早落叶，直接影响次年的挂果。发病初期，在叶子正面出现2-3mm水渍状褪绿斑,并在与病斑相对的叶背面出现黄橘色的疱状物，为夏孢子堆。本病由花椒鞘锈菌引起。夏孢子和冬孢子阶段发生在花椒树上。花椒锈病的发生主要与气候有关。凡是降雨量多，特别是在第三季度雨量多，降雨天数多的条件下，危害很容易发生。
防治措施：药剂：在未发病时，可喷布波尔多液或0.1-0.2%波美石灰硫磺合剂，或在6月初至7月下旬对花椒树用200-400倍液萎锈灵进行喷雾保护。药剂防治：对已发病的可喷15%的粉锈宁可湿性粉剂1000倍液，控制夏孢子堆产生。发病盛期可喷雾1：2：200倍波尔多液，或0.1-0.2波美石硫合剂，或15%可湿性粉锈宁粉剂1000-1500倍液。加强肥水管理，铲除杂草，合理修剪。晚秋及时枯枝落叶杂草并烧毁。栽培抗病品种，可以将抗病能力强的花椒品种混栽。

处理大红袍花椒苗的方法：肥粪处理法：将筛选好的大红袍花椒苗拌入鲜牛粪中，加少量花 木灰或黄土，捏成拳头大小的团块堆放在背阴处。于早春打碎粪团，连同 牛粪一同播种。湿草木灰所处理法：经水选的种子捞出后在阳光下稍晾拌入潮湿 草木灰中，以手捏成团为宜。种子与草木灰的比例为1：2或1：3，充分混 匀后堆放。每天搅拌一次，10～15天后，可连草木灰播种。洗涤剂处理法：50公斤水加0．5～0．75公斤洗衣粉；（或按1公 斤种子加碱面25克的比例配成碱水，碱水以淹过种子为宜），放入大红袍 花椒苗25～40公斤，不停的搅动。浸泡2天后用手揉搓，直至椒仔失去之后 ，倒掉废水，清水淘洗两次，摊放在阴凉处等水份蒸发后播种。

花椒根腐病：花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。
防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。及时拔除病苗。移苗时用50%甲基托布津500倍液浸根24小时。用生石灰消毒土壤。并用甲基托布津500-800倍液，或15%粉锈宁500-800倍液灌根。4月用15%粉些宁300-800倍液灌根成年树，能有效阻止发病。夏季灌根能减缓发病的严重程度，冬季灌根能减少病原菌的越冬结构。及时挖除病死根，死树，并烧毁，病染原。