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新的档案入库前，首先要根据档案的类别、年份和密级等相关信息对新建档案进行编目，并通过终端管理器写入标签，生成的电子标签数据被传送到中心数据库里以备系统其他模块调用。
入库时，档案管理信息系统的储位管理子系统发出入馆指令，然后读取要入馆的档案盒信息，然后储位自动识别模块与档案自动识别模块进行档案盒信息匹配，匹配后由储位自动识别模块分配该档案盒的存放储位，确认无误后，管理员发出入馆确认信息，确认信息通过计算机总线传递至该档案柜，储位指示点亮起，管理人员将档案盒放至指示点所指示的储位，按下储位上的确认按钮，指示灯熄灭，确认信号反馈回管理系统，入馆结束。全部档案入库完毕后，在查询管理子系统中可对已入馆的档案信息进行查询，从而实现对档案的可视化、动态化管理。

 （2）盘点 
由于的使用，盘点档案变成一项简单快速的工作：由档案管理信息系统的查询子系统发出盘点指令，阅读器立即完成对档案的相关信息以及相应的储位信息的收集，并自动返回所收集的信息与中心数据库中的数据进行核对。如对于不能匹配的信息，由管理人员持手持式阅读器进行现场核对，修改系统信息或现场信息，从而完成档案盘点。

（3）密集柜查阅

 在查询相关档案时，管理员首先通过查询管理子系统查阅档案的编目号，系统将根据编目号提取中心数据库里所储存的数据信息，核对无误后发出出库指令，储位管理子系统中的档案自动识别模块将根据编目号映射其储位编号，找到该档案所存放的物理位置。管理员发出出库指令，储位指示灯亮起。当档案经过出库口时，出库口的阅读器将读取密集柜档案信息反馈给管理系统，管理人员再次确认所查档案与所出库档案一致后确定出库。此时，系统将记录下档案的出库时间信息。如若反馈信息与查询信息不一致，监控模块将向警报模块发出异常警报。